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Dataset

To address the brain MRI huge variability in intensity statistics and scanning artifacts, we collected almost 27,000 brain T1-weighted volumes of both healthy and clinical subjects, released in 78 databases covering at least 155 different world sites.

A visualisation by t-SNE of the 68 MRIQC features (different colors for different datasets). Note that one dataset (\textit{e.g.}, IXI in yellow color) may contain volumes from more than one site, and thus split in separate clusters in the t-SNE feature space.



Dataset description.

Dataset Country Cardinality Age (mean +/- std) Sex (F/M) SliceThickness Manufacturer MagneticFieldStrength ManufacturerModel
1000_FCP_ABIDE_CMU United States 27 26.59 +/- 5.58 F:6/M:21 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Caltech United States 36 28.09 +/- 10.60 F:8/M:28 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_KKI United States 49 10.08 +/- 1.34 F:13/M:36 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Leuven Belgium 62 17.99 +/- 4.91 F:7/M:55 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_MaxMun Germany 50 24.56 +/- 10.48 F:7/M:43 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_NYU United States 182 15.31 +/- 6.57 F:37/M:145 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_OHSU United States 27 10.67 +/- 1.73 M:27 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Olin United States 30 17.30 +/- 3.34 F:5/M:25 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Pitt United States 54 18.86 +/- 6.97 F:7/M:47 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_SBL Netherlands 29 33.34 +/- 6.53 M:29 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_SDSU United States 29 14.36 +/- 1.88 F:6/M:23 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Stanford United States 37 9.91 +/- 1.56 F:8/M:29 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Trinity Ireland 46 17.48 +/- 3.51 M:46 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_UCLA United States 88 13.12 +/- 2.22 F:12/M:76 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_UM United States 119 14.19 +/- 3.30 F:26/M:93 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_USM United States 97 22.32 +/- 7.72 M:97 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ABIDE_Yale United States 48 12.81 +/- 2.90 F:16/M:32 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ACPI United States 159 n.a. F:40/M:119 1.0,1.9 GE,SIEMENS 3T MAGNETOM TrioTim,Signa Excite
1000_FCP_ADHD200_Brown United States 24 14.42 +/- 2.55 F:17/M:7 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_KKI United States 76 10.26 +/- 1.33 F:32/M:44 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_NYU United States 246 11.50 +/- 2.95 F:89/M:156 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_NeuroIMAGE Netherlands 69 17.63 +/- 3.09 F:30/M:39 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_OHSU United States 102 9.18 +/- 1.25 F:47/M:55 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_Peking China 241 11.68 +/- 1.94 F:71/M:170 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_Pittsburgh United States 98 15.08 +/- 2.77 F:45/M:53 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_ADHD200_WashU United States 48 11.37 +/- 3.61 F:23/M:25 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_BGSP United States 1552 21.54 +/- 2.90 F:904/M:648 1.2 SIEMENS 3T MAGNETOM TimTrio
1000_FCP_CORR_BMB Germany 50 30.83 +/- 7.02 F:26/M:24 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_BNU China 165 22.28 +/- 1.98 F:79/M:86 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_DC n.a. 102 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_HNU China 30 24.37 +/- 2.37 F:15/M:15 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_IACAS China 27 26.48 +/- 4.97 F:15/M:12 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_IBA_TRT United States 34 27.41 +/- 7.96 F:17/M:17 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_IPCAS China 209 n.a. F:114/M:91 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_JHNU China 30 23.27 +/- 3.63 F:9/M:21 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_LMU Germany 90 47.81 +/- 23.08 F:45/M:45 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_MRN United States 53 n.a. F:25/M:27 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_NKI_TRT United States 21 31.67 +/- 10.96 F:21 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_NYU United States 204 21.46 +/- 11.68 F:82/M:122 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_SWU China 306 n.a. F:162/M:142 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_UM Canada 78 65.50 +/- 6.22 F:57/M:21 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_UPSM United States 93 15.18 +/- 2.79 F:46/M:47 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_UWM United States 25 24.96 +/- 3.17 F:11/M:14 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_CORR_XHCUMS China 25 n.a. F:10/M:14 n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_FCON1000_AnnArbor United States 57 n.a. F:20/M:37 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Atlanta United States 27 30.78 +/- 9.87 F:15/M:12 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Baltimore United States 23 29.26 +/- 5.34 F:15/M:8 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Bangor United Kingdom 20 23.40 +/- 5.18 M:20 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Beijing_Zang China 191 21.19 +/- 1.82 F:119/M:72 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Berlin_Margulies Germany 26 29.77 +/- 5.11 F:13/M:13 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Cambridge_Buckner United States 197 21.04 +/- 2.31 F:122/M:75 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_ICBM Canada 81 44.11 +/- 17.67 F:44/M:37 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Leiden Netherlands 31 22.19 +/- 2.53 F:8/M:23 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Milwaukee United States 58 n.a. F:31/M:13 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Munchen Germany 16 68.44 +/- 3.84 F:6/M:10 n.a. n.a. 1.5T n.a.
1000_FCP_FCON1000_NewYork United States 117 27.87 +/- 10.87 F:56/M:61 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Newark United States 18 n.a. F:9/M:8 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Oulu Finland 92 21.50 +/- 0.56 F:61/M:31 n.a. n.a. 1.5T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Oxford United Kingdom 22 29.00 +/- 3.71 F:10/M:12 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_PaloAlto United States 17 32.47 +/- 7.87 F:15/M:2 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Queensland Australia 19 25.95 +/- 3.78 F:8/M:11 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_SaintLouis United States 31 25.10 +/- 2.28 F:17/M:14 n.a. n.a. 3T n.a.
1000_FCP_FCON1000_Taipei Taiwan 22 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a.
1000_FCP_HBN n.a. 304 11.39 +/- 3.82 F:130/M:174 n.a. SIEMENS 1.5T Avanto
1000_FCP_INDI China 1045 n.a. F:628/M:417 1.0 SIEMENS 3T MAGNETOM TrioTim
1000_FCP_RocklandSample n.a. 2156 n.a. F:1273/M:870 1.0 SIEMENS 3T MAGNETOM TrioTim
ABCD n.a. 8671 n.a. F:4139/M:4518 n.a. GE,Philips,SIEMENS 3T Achieva dStream,DISCOVERY MR750,Ingenia,Prisma,Prisma_fit
AOMIC Netherlands 1911 n.a. F:914/M:861 n.a. n.a. 3T n.a.
EDSD n.a. 290 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a.
GLASGOW United Kingdom 1220 n.a. F:707/M:508 1.0 SIEMENS 3T TrioTim
HCP n.a. 890 n.a. F:509/M:381 1.0 SIEMENS 3T MAGNETOM ConnectomS
IADNI n.a. 98 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a.
IBSR United States 18 n.a. n.a. 0.84 x 0.84 x 1.5 mm iso to 1.0 x 1.0 x 1.5 mm n.a. 1.5T n.a.
IXI United Kingdom 569 n.a. F:307/M:247 n.a. n.a. n.a. n.a.
MALC2012 n.a. 35 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a.
MRBrainS n.a. 7 n.a. n.a. 0.958 x 0.958 x 3.0 n.a. 3T n.a.
MindBoggle101 n.a. 92 27.99 +/- 8.29 F:43/M:49 n.a. n.a. n.a. n.a.
OASIS3 n.a. 2633 n.a. F:1525/M:1108 n.a. n.a. 1.5T,3T n.a.